Někdy není možné provést zálohu na úrovni hypervisoru kvůli omezením produktu virtualizace nebo omezením Acronis Backup.
Agenta pro VMware nelze použít pro zálohování virtuálních počítačů odolných vůči chybám.
Agent pro VMware nemůže zálohovat disky RDM (Raw Device Mapping) v režimu fyzické kompatibility a nezávislé disky.
Microsoft Hyper-V neposkytuje hostovanému systému kontrolu nad průchozími disky. Ve výsledku pak zprostředkovatel Microsoft Software Shadow Copy nemůže poskytnout Agentovi pro Hyper-V snímky průchozích disků.